Tuy nhiên, các đại biểu cũng cho rằng, công tác phòng, chống HIV/AIDS còn những tồn tại, hạn chế như: Công tác lãnh đạo, chỉ đạo của một số cấp uỷ, chính quyền chưa quyết liệt; nhiều địa phương chưa xây dựng quy chế phối hợp liên ngành; kinh phí dành cho công tác phòng, chống HIV/AIDS còn khiêm tốn; cán bộ làm công tác phòng, chống HIV/AIDS, đặc biệt tại tuyến cơ cở thiếu về số lượng, yếu về chất lượng; công tác thông tin, tuyên truyền, giáo dục, vận động tại một số địa phương chưa thường xuyên, liên tục; độ bao phủ của các dịch vụ phòng, chống HIV/AIDS còn hạn chế.

Theo PGS.TS. Phan Thị Thu Hương, Phó Cục trưởng Cục Phòng, chống HIV/AIDS, Bộ Y tế: Mặc dù dịch HIV/AIDS đã thuyên giảm, nhưng diễn biến còn phức tạp, gia tăng nhanh ở nhóm MSM (quan hệ tình dục đồng giới nam) và tiêm chích ma tuý (TCMT), chưa bảo đảm tính bền vững và còn tiềm ẩn những nguy cơ bùng phát. Do vậy, HIV/AIDS hiện vẫn còn là vấn đề sức khoẻ công cộng quan trọng, là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây gánh nặng bệnh tật ở Việt Nam... Để thực hiện mục tiêu chấm dứt dịch bệnh AIDS vào năm 2030, tiếp tục cần phải có những chủ trương và biện pháp can thiệp mạnh mẽ và hiệu quả hơn trong thời gian tới… và cần một chỉ thị mới về chấm dứt dịch HIV/AIDS vào năm 2030 để đáp ứng được yêu cầu của tình hình mới.